Jan Trøjborg (1955–2012) var en dansk politiker for Socialdemokratiet. Han hadde flere ministerposter i Poul Nyrup Rasmussens regjeringer, var medlem av Folketinget, borgermester i Horsens kommune og formann i Kommunernes Landsforening.
Fra 1987 til 2005 var han medlem av Folketinget, valgt for det tidligere Vejle Amtskreds.[3][4] I denne perioden innehadde han forskjellige ministerposter; industriminister (1993–1994), trafikkminister (1994–1996), erhvervsminister (1996–1998), forskningsminister (1998–1999), utviklingsminister (1999–2000) og forsvarsminister (2000–2001).[5][6][7][8]
Han var borgermester i Horsens kommune fra 1. januar 2007 og formann i Kommunernes Landsforening fra 19. mars 2010 frem til sin død.[9][10]
Trøjborg døde etter å ha falt om under et mosjonssykkelløp i Horsens.[11]