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Frequentò l'Harvard University, dove, dopo alcuni anni di studio in Europa, divenne professore associato di botanica nel 1874 e professore di botanica crittogamica nel 1879.
William Gilson Farlow (1880) The Gymnosporangia or Cedar-Apples of the United States
William Gilson Farlow (1881) Marine Algœ of New England
William Gilson Farlow (1883) "Enumeration of the Peronosporaceae of the United States: II." in Botanical Gazette 8:11 pp. 327 - 337
William Gilson Farlow (1883) "Enumeration of the Peronosporaceae of the United States: I." in Botanical Gazette 8:10 pp. 305 - 315
William Gilson Farlow (1885) "The Synchytria of the United States" in Botanical Gazette 10 pp. 235 - 240
William Gilson Farlow (1887) "Obituary of Ravanel" in Botanical Gazette 12 pp. 194 - 197
William Gilson Farlow (1888) A Provisional Host-Index of the Fungi of the United States
William Gilson Farlow (1905) Biographical Index of North American Fungi
William Gilson Farlow, Liberty Hyde Bailey & Roland Thaxter (1919) "George Francis Atkinson" in American Journal of Botany
William Gilson Farlow & Edward Angus Burt (1929) Icones Farlowianae. Illustrations of the larger fungi of Eastern North America with descriptive text 120 pp.
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Charles Loring Jackson, William Gilson Farlow (1844-1919), in Proceedings of the American Academy of Arts and Sciences, vol. 57, n. 18, American Academy of Arts & Sciences, novembre 1922, pp. 484-491.