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Il résolut le problème de la voûte quarrable (1692), posé par Vincenzo Viviani : trouver une fenêtre dans une voûte hémisphérique de sorte que le reste de la voûte soit quarrable, c'est-à-dire dont l'aire puisse s'écrire c², où c est un nombre constructible à la règle et au compas.
Wallis est l'auteur du premier traité de phonétique de la langue anglaise, en introduction à sa Grammatica Linguae Anglicanae. Il est également connu comme précurseur de l’éducation des sourds-muets. Il a exposé sa pratique dans deux lettres, éditées plusieurs fois outre-Manche. Ses travaux ont influencé l'abbé Charles-Michel de L'Épée, qui a adapté à la langue française sa méthode de démutisation des sourds-muets. Wallis a appliqué aussi la phonétique, dans une optique clinique, aux dyslalies fonctionnelles et à la correction des accents étrangers. Il a eu des échanges épistolaires postérieurs sur ces questions avec un autre précurseur en phonétique et orthophonie : Johann Conrad Amman.
Tractatus Prœmialis. De loquela, sive Literarum omnium Formatione & genuino Sono, Oxford, Leon Lichfield, 1653. (Traité préliminaire. De la parole ou de la formation de toutes les lettres et du son originel.
Grammatica Linguae Anglicanae, cui praefigitur de loquela sive de sonorum omnium loquelarum formatione tractatus grammatico physicus, Oxford, Leon Lichfield, 1653. (Grammaire de la langue anglaise, laquelle est précédée d'un traité physico-grammatical sur la parole ou la formation des sons.
La lettre du Dr John Wallis à Robert Boyle, Philosophical Transactions, 1670.
La lettre du Dr John Wallis à Mr Thomas Beverly, Philosophical Transactions, 1698.
Trois rééditions[Lesquels ?] de la seule partie phonétique (1721, Königsberg, 1727 et 1740, Leiden), comportant en annexe le traité de Johann Conrad Amman Surdus loquens, ont aussi été publiées.
↑Cf. (en) Sergey Khrushchev, « A recovery of Brouncker's proof for the quadrature continued fraction », Publicacions Matemàtiques, vol. 50, no 1, , p. 3-42 (lire en ligne), qui s'appuie entre autres sur Jacqueline Stedall, « Catching Proteus: The collaborations of Wallis and Brouncker: I. Squaring the circle », Notes and Records of the Royal Society of London, vol. 54, n° 3, 2000, p. 293-316.
Traduction française de la préface du De Loquela de Johann Conrad Amman comportant ses échanges épistolaires avec John Wallis dans Deschamps, C. F., 1779, Cours élémentaire d'éducation des sourds et muets, Paris, Debure.
Bébian, Roch Ambroise Auguste, 1817, Essai sur les sourds-muets et sur le langage naturel, Paris : J. G. Dentu. (Comporte la traduction française de La lettre du Dr John Wallis à Mr Thomas Beverly).
Bouillon, J.P., 1956, La phonétique de John Wallis – Traduction du « De Loquela » et commentaires, Paris, Atelier de typographie de l’Institution nationale des sourds-muets.
Héral, O., 2008, Contribution à l’histoire de l’orthophonie en Europe – John Wallis (1616–1703), un grand savant du XVIIe siècle impliqué dans la prise en charge des dyslalies fonctionnelles et dans l’éducation des sourds-muets, Journal de réadaptation médicale, 28:165-168.