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Im Juli 2010 stellte der FF USV Jena nach längerer Suche Zaunmüller als Nachfolger der zurückgetretenen Cheftrainerin Heidi Vater vor.[2] Zu seinem Trainerstab gehörten Sandy Mazur (ab Oktober 2010 Michael Zahn) als Assistenztrainer und der ehemalige Zweitliga-Torhüter Daniel Kraus als Torwarttrainer. Nach zahlreichen Niederlagen in der Bundesliga (unter anderem 0:7 gegen den SC 07 Bad Neuenahr, zuletzt 1:4 gegen den VfL Wolfsburg) und dem Ausscheiden im DFB-Pokal (0:8 gegen den 1. FFC Turbine Potsdam) wurde er jedoch nach weniger als fünf Monaten Amtszeit als USV-Trainer beurlaubt. Torwarttrainer Daniel Kraus wurde zunächst als Interimstrainer eingesetzt.[3] Am 12. Juli 2011 wurde er als Co-Trainer von Thomas Wörle ernannt,[4][5] Cheftrainer der Bayern-Frauenfußballmannschaft, dem er bis zum 2014 zur Seite stand.
Zur Saison 2015/16 übernahm Zaunmüller den Trainerposten beim in der A-Klasse spielenden TSV Übersee,[6] den er zwei Spielzeiten lang betreute.[7]
Im Juli 2019 wurde Zaunmüller als neuer Leuter des BFV-Nachwuchsleistungszentrums des SB Chiemgau Traunstein vorgestellt,[7] bereits ein halbes Jahr später war er von dieser Position wieder zurückgetreten.[8]